В powershell-е есть два независимых понятия, что такое текущая дира:
одно у самого powershell-а, а другое у .net-а

т.е. pwd выдает одно
а [System.IO.Directory]::GetCurrentDirectory() - выдает совсем другое

 Это произошло из-за того, что в powershell-е добавили provider-ов, которые умеют бегать не только по файловой системе, а и по таким вещам: как реестр, wmi и т.д.

 Такая двуличность усложняет прозрачное использование .net-классов из под powershell-а, т.к. надо постоянно помнить, что у .net-а будет другая дира, чем у powershell-а.

В идеале бы хотелось, чтобы системная текущая дира ставилась на ту же самую, что и в powershell, если это возможно, а в остальных случаях - ставилось на какую-нибудь несуществующую диру (диру из которой нельзя прочитать/нельзя записать).

 Но разработчики powershell-а идеал такой не сделали, поэтому приходиться выкручиваться самому.

Есть два решения данной проблемы:

1. при вызове .net-ного кода устанавливать текущую диру .net-а равной текущей дире powershell-а

  [Environment]::CurrentDirectory=(Get-Location -PSProvider FileSystem).ProviderPath
 

2. передавать только полные пути в .net-код из powershell-а

для этого есть удобная функция convert-path, но будьте внимательны! к сожалению, она работает только для файлов, которые уже есть на диске. а если файл еще только предстоит создать, то увы...

  $fullpath = convert-path $filename
[System.Xml.Linq.XElement]::Load($fullpath)